В аниме-сериале «Полифоника» действие происходит на континенте, где мирно сосуществуют люди и духи. Этот мир связан божественной музыкой, которую могут исполнять только особые музыканты — дэнтисты. Сюжет рассказывает о студенческие годы Форона Татары, его учебе в Академии Божественной Музыки и его отношениях с Кортикарте.
Форон и Кортикарте начинают понимать друг друга, изучая сложные ноты и ритмы божественной музыки. Их обучение не только о музыке, но и о взаимоотношениях между людьми и духами, а также о том, как музыка может быть средством для достижения гармонии.
Однако, несмотря на мирное сосуществование, в мире Полифоники есть и зло в виде террористов, которые устраивают нападения на города и распространяют страх. Форон и Кортикарте должны научиться противостоять этому злу, используя свои музыкальные таланты и силу дружбы.