Синдзи Икари, юный пилот, прошёл через множество опасных битв, быстро освоив управление огромным роботом "Евангелион" и противостояние монстрам, разрушающим новые города и гибнущим вместе с ними людям. Вместе с друзьями Аской и Рей он сражался с многочисленными "Ангелами", защищая человечество.
После успешного парижского наступления воздушного флота организации WILLE, которое отбило атаку беспилотных роботов и восстановило купол, люди получили доступ к новым запчастям "Евангелиона". Несмотря на это, Синдзи был глубоко подавлен после смерти Каору и едва не совершил Четвёртый удар. Теперь ему предстоит отправиться в Третью деревню, один из оплотов человечества на Земле, вместе с Рэй и Аской.
Впереди их ждут новые сражения, где на кону стоит судьба не только всего человечества, но и целой планеты. Чем закончится это приключение друзей, остаётся загадкой, но борьба за выживание будет продолжаться везде, где проявится угроза. Вскоре "Евангелионы" отправятся на очередное задание, готовые к новым испытаниям.