Молодая тайваньская ассасинка, известная под кодовым именем "Стеклянное Сердце", совершает самоубийство, прыгнув с высокой крыши. Однако её падение оканчивается несмертельно — она падает на металлический забор, что приводит к серьезной травме сердца. Спасая её жизнь, врачи производят сложную операцию по пересадке сердца.
Во время комы после операции девушка видит странные сны, которые направляют её в Японию в поисках донора её нового сердца — Каори Макимуры, бывшей партнерши знаменитого охотника за головами Рё Саэбы. Эти сны становятся ключом к разгадке её прошлого и будущего.
Хотя "Сердце Ангела" использует персонажей из "Городского охотника", это самостоятельная история, происходящая в параллельной вселенной, не связанной с оригинальным сюжетом. Здесь новые тайны, новые приключения и новые угрозы, которые ждут девушку на её пути к истине.