Лиричная волшебница Наноха

История повествует о Нанохе Такамачи, юной школьнице, которая живет обычной жизнью вместе с семьей, включая старших брата и сестру. Однажды её повседневность переворачивается с ног на голову, когда она спасает раненого говорящего горностая, который на самом деле является магом из параллельной вселенной по имени Юно Скрая. Юно, археолог, прибыл на Землю с миссией собрать опасные артефакты, известные как "Драгоценные Семена", которые обладают способностью наделять живых существ сверхъестественными силами, часто превращая их в монстров.

Раненный в схватке с одним из таких монстров, Юно вынужден полагаться на помощь Нанохи, которая во время его выздоровления в форме горностая становится неотъемлемой частью его миссии. Он передает ей "Интеллектуальное Устройство" — волшебную палочку под названием "Raising Heart", и неожиданно для обоих выясняется, что Наноха обладает необычайными магическими способностями. Таким образом, начинается их совместное противостояние монстрам и поиски Драгоценных Семян.

Однако, они не одиноки в своей охоте. Наноха и Юно скоро узнают, что есть и другие, кто стремится завладеть этими могущественными артефактами. В результате, их миссия становится не только поиском и уничтожением опасных существ, но и противостоянием другим искателям Семян, что делает их задачу еще более сложной и опасной.